迷惑だった？どう思われる？

嫌われてはないと思いますし、誘っても大丈夫だと思います。後輩から慕われるのは誰でも嬉しいはずです。頑張ってください。

下心ある子にはすぐかわいいとか言っちゃう。

この感じならまた誘うで全然いいと思うけど。
力まず関係を深めていけばいいと思いますよ。

私も忙しい方なので数ヶ月先まで埋まってることあります 笑

①
お相手の方の交友状況はどうでしょう？
忙しさを理由に予定を確定しない割に、職場の他の方や友人たちとよく食事に行ったり出掛けたりしているようなら
少し優先度低め（あんまり前向きじゃない）なのかなと。
でもそうじゃないなら本当に仕事で忙しいから、予定の見通しが立たなかっただけなのかなと。
向こうから連絡が来ないのは、誘われた側だからじゃないでしょうか？
「また連絡するね」はありがちな会話の終わり方だと思います。

②
また行きたいなら声掛けだけでもしてよいのではないでしょうか。
その時の反応を見て判断するのもよいかと思いますし。。。

③
お相手の方は意外と深い意図なく、そのような対応してるかもしれません。
髪型変えた時のかわいいねは、私は結構誰にでも言っちゃいます(^^;)
守りたい等のイチャつき発言？も冗談交じりに軽く言っちゃうほうです。
素っ気ない反応は、単にタイミング（忙しいor不機嫌or体調悪かったとか）が悪かっただけかも。
教えていただいたエピソードだけでは、好かれてる嫌われてるの判断は
私は難しいです。

そのお相手さんとは連絡先交換してたりするのでしょうか？
食事に行くハードルが高そうなら、そして日々忙しそうで会話するチャンスもなかなか無さそうなら
LINE等でたまーに連絡しあってみるのもいいのかな？と思いました。

先輩の外見と性格が私と似ているようなので、個人的な意見を。あくまで私ならどう思うかってことなのでご容赦を。

嫌いな子と二人で飲みに行ったりしないので、そこは自信を持っていいと思います。「○月はダメで○月なら」って予定をきちんと言うのは行く気があるからです。行く気がないなら「今は仕事が忙しいからそのうちね～」で濁す。また誘っても大丈夫ですよ。
女の子に可愛いねと言ったり守ろうかって言うのは、どの女の子にでも割と気軽に言うので特別扱いされてるわけではないかな。
みんなとの話で返事しないとか二人きりでも冷たい時があるってのは、まだすごく仲の良い相手ではないから・・・かな。他人にあまり興味ないし。

とりあえず、一緒に出かける回数を重ねて仲が深まるようにしていってはどうでしょうか。後輩に慕われるって先輩にとっては嬉しいことなので。

入らなかったので追記…

③その先輩なのですが、制服以外スカートを履いているところを見たことがなく、髪もショートでサバサバしていて男勝り(自分でも言っていた)です。会社では言ってくれたことはないですが先日飲みに行ったときには「可愛いね」と何回も言ってくれましたし、私が髪をイメチェンしたときには「いいね」と言っていただき、髪に触ってきたこともあります。台風の日に一緒に歩いているときに風がすごくて「うわー。傘が壊れそうなくらい風すごいですね。」と言うと「守ろうか？」と言われたこともあります。ですが…みんなで話しているときは私の話には返事してくれないときもありますし目も合わせてくれないときもあり、2人のときも時々冷たいときもあり、嫌われているのかな？と思うときがあります。その時の気分なのでしょうか？私は先輩にどう思われていると思いますか？好かれていますか？嫌われていますか？

長文読んでいただきありがとうございました。